El control operacional contempla en control y supervisión de todas las operaciones (entendamos éstas como actividades y tareas) que se llevan a cabo en la organización o que se realizan a partir de sus ordenes (compras y subcontrataciones) y que afectan o pueden afectar a los aspectos ambientales previamente descritos por la organización, así como a la política, objetivos y metas ambientales fijadas.

Como se puede deducir, es difícil concebir una operación que no pueda afectar a estos aspectos por lo que potencialmente todos los procesos de la empresa han de analizarse desde esta perspectiva. En la práctica la relación más directa se halla en los requisitos relacionados con el producto: diseño, desarrollo, producción y prestación de servicio incluidas las subcontrataciones tal como refleja la tabla de correspondencias entre la ISO 9001 y la ISO 14001.

Para ello se han de desarrollar los procedimientos documentados que se consideren oportunos en relación con estos aspectos y que en los sistemas integrados quedan recogidos en los procedimientos de diseño, producción y control, más los procedimientos de compras y subcontrataciones correspondientes incluyendo en todos ellos los criterios operacionales a tener en cuenta y que establece la propia la gestión ambiental.

Un aspecto de sumo interés es el requisito dentro de este punto de comunicar tales procedimientos y requisitos a los proveedores y subcontratistas (no solo los procedimientos por los cuales se ven afectados, lo cual es lógico, sino todos los procedimientos relacionados).